＜あらすじ＞
比古清十郎に拾われ、"人の世の為に振るう剣術"である「飛天御剣流」を授けられた剣心。しかし、数年後、剣心は幕末の京都で血みどろの剣を振るう"人斬り抜刀斎"となっていた。京都は倒幕を目指す維新志士と、それを阻む幕府側との攻防で大きく揺れ動いており、剣心は闇の維新志士として幕府側の要人を暗殺する役目をつとめていたのだ。ある雨の夜、剣心は美しい女･雪代巴と出会う。過去を明かさない巴に剣心は次第に惹かれてゆくが、動乱の京都にも、巴の心にも、払うことができない暗雲が広がっていた･･･。