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そう遠くない未来、人の想像を遥かに超えて広がる銀河系で……〈前回のあらすじ〉『きゅるきゅる。キャプテン・カイトとその良き相棒エモーションは滅亡しかけの地球を離れ旅に出て、銀河超文明『連邦』と遭遇し、宇宙クラゲに気に入られて地球代表に任命され、結果的に地球人を救うことになりました。なぜそうなるんですか、キャプテン……』
銀河を股にかけるコンビのもとに未開惑星観察用人工天体からの救援要請が届く。「惑星をも喰らう超巨大な宇宙ウナギの進行を阻止してほしい」という内容に困惑する彼らの前に 銀河中の希少生物を保護すると息巻く『公社』が立ちはだかって……未開惑星を守護したい連邦と、どんな犠牲を払ってでも超巨大生物を保護したい公社と、次々と惑星を飲み込んでいく宇宙ウナギ。三者の思惑が渦巻く中、カイトは好奇心の赴くまま宇宙船を躍らせ、ついに誰も予想しなかった作戦を実行する。なぜか海産物っぽい未知との遭遇が続くバディのスペースジャーニー、待望のエピソード2!