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ある朝、何故か目が覚める以前の記憶をすべて失っていた主人公は、
傍に置いてあったメモ帳の指示に導かれ、「早見諫早」という人物を殺害した犯人を捜すために、とあるマンションの一室を訪れる。
そこにいたのは、「玖条凜音」という探偵の少女。時間を戻すことができる【魔女】(=チェックメイト・ウィッチ)という能力を持つ彼女から、主人公は自分の名前が「早見諫早」であり、世界の治安維持のために暗躍する組織【究明機構】に所属していることを明かされる。
なぜ殺害されたのか、本当に殺害されたのならばどうして自分は今ここにいるのか、その謎を解明すべく、早見は凛音に協力
を仰ぎ、【魔女】の眷属として調査を始めるのだが…!?