＜あらすじ＞
ヴィクタが所属する謎の組織「殻」は、悲願とも言うべき目的を達成させるため、「器」を完成させようとしていた。
しかし、自分の命が潰えようとしているヴィクタは時間がないことに焦り、「殻」のリーダーであるジゲンの目を出し抜いて、「器」を奪う計画を企てる。

一方、新たな任務を受け、カタスケと行動を共にすることになったボルト。
かつて科学忍具の不正使用により中忍試験を失格になったボルトは、まだカタスケを許せないでいる。
そして、謎の飛行船が墜落したとの連絡を受け、その調査に向かうことに。
先に向かった木ノ葉丸とムギノは行方不明。二人に何があったのか探る中でボルトは、何故か自分と同じように掌に印のある少年・カワキと出会うことになる。

ボルトの掌の印の謎とは…? 「器」の正体は…?
壮絶な戦いにボルトは巻き込まれながら、数々の謎と陰謀が明らかになる。