＜あらすじ＞
ニューヨークの動物園から抜け出し、マダガスカルとアフリカで大自然のキビしさを思い知ったアレックスたち。ニューヨークへ戻るためにペンギンズを頼ろうと、彼らを追ってモンテカルロのカジノに潜入。しかし、指名手配を受け、非情な女警部デュボアの執拗な追跡を受けて、おんぼろサーカス一座に逃げ込む。ニューヨーク公演を実現させて故郷に帰るために、サーカスの立て直しに乗り出すアレックスたちだったが……。