＜あらすじ＞
ウィリアム・ブリンクリーの人気小説を原作とする『THE LAST SHIP』。ある伝染病が世界中に広まり、人類が壊滅しかけるところからドラマは始まる。世界が危機的な状況の中、アメリカ海軍の駆逐艦ネイサン・ジェームズの乗組員たちはほとんど病魔に冒されていなかった。駆逐艦の位置が、ウイルスが広がる範囲から外れていたからだ。そして今、艦長と船員たちは、この世界に生存しているのが自分たちだけかもしれない、という事実を受け入れなければならなかった。セカンド・シーズンでは、チャンドラー艦長(エリック・デイン)を始め、スラッタリー副長(アダム・ボールドウィン)や他の乗組員が、ファースト・シーズン終盤でウイルス学者のレイチェル・スコット博士(ローナ・ミトラ)が発見した治療薬の普及に尽力する。だが、祖国のアメリカに到着した彼らは、エイミー・グランダーソンがトップを務める新世界秩序と敵対する。そしてさらに、世界征服を企む危険な敵が登場する。チャンドラーと一部の船員たちは、ボルチモアで恐るべき真実と運命の逆転を目の当たりにし、反政府派の地下勢力と組んでエイミー・グランダーソンを倒そうとするが、グランダーソンは、そこで大きな決断を下す。"新世界"でとらわれの身であるレイチェルは、治療薬も残り少ない中、病に伏す人々を懸命に助けようとする。そんな中、スラッタリーとネイサン・ジェームズの船員たちは、負傷したトフェット博士の命を救い、駆逐艦の支配権を取り戻すために時間との闘いに挑んでいく。