＜あらすじ＞
第43話 壮絶 トリプルガンダム
月面上の戦いはさらに激しさを増す。連邦軍では強力な殺戮兵器であるプラズマダイバーミサイル発射の準備がなされていた。発射されれば、ルナベースは壊滅し、基地内にいる人間は誰も助からない。そこでセリックは、ルナベースのヴェイガンを降伏させるべく、基地内へ決死の突入を図るのであった。突入が決行される中、ジラード・スプリガンはガンダム3機を相手に強力なXラウンダー能力を発揮する…。

第44話 別れゆく道
イゼルカントは、ゼハートにプロジェクト・エデンの真の目的を告げ、自らの代わりにヴェイガンを率いるよう命じる。ゼハートは全てを理解した上で、イゼルカントの言葉に従うことを決意する。一方、連邦側では、フリット、アセム、キオ、それぞれの戦争に対する考え方の違いから三人による口論が繰り広げられていた。フリットのヴェイガン殲滅という強い意志に、キオは、ヴェイガンの全てが悪いわけじゃないと立ち向かう。何のために戦うのか、そして、その終わりはどこにあるのか。アスノ家3代の親子は、それぞれの歩む道を見出し進んでいく。

第45話 破壊者シド
人類の過去の戦いにおけるテクノロジーが封じられた悪魔の秘宝『EXA-DB』。それを守護していたのは、巨大な怪物モビルスーツだった。ヴェイガンの最高司令官となったゼハートは、自らにその資格があるかを問うため、イゼルカントに託されたガンダムレギルス一機でシドとの戦闘に挑む。

第46話 宇宙要塞ラ・グラミス
ヴェイガンは、セカンドムーンとラ・グラミスの連携による、大規模な侵攻作戦を実行しようとしていた。連邦もまた、それを迎え討つべく、宇宙要塞ラ・グラミス攻略作戦を発令する。両軍では最終決戦に向かう戦士たちが、それぞれ思いを巡らせる。果たして、この戦いの先にはどのような結末が待っているのか。地球の命運をかけた、両軍の激突は目前であった。