＜あらすじ＞
NHKのアニメ放送18年を誇る大長寿アニメ番組「忍たま乱太郎」。ドジで成績もよくないけれど、優しさと団結力なら誰にも負けない！そんな忍者のたまご“忍たま”たちの成長物語は、老若男女から愛され続けている。
その『忍たま』が、ついに長編アニメ映画化。忍術学園の生徒たちをはじめ、おなじみのキャラクターが大スクリーン上でところ狭しと大暴れする。迫力の合戦シーンなど、劇場版ならではの面白さを堪能あれ！
夏休みが終わった忍術学園は大騒ぎ！なんと、一年生と六年生の宿題が入れ替わっていたのだ。一年は組の山村喜三太が当たったのは、六年生用の「オーマガドキ城主のふんどしをとれ」というもの。現在、オーマガドキ城はタソガレドキ城と戦のまっただ中。
行方不明の喜三太を探すため、学園長の号令で忍術学園全員が出動する！！