＜あらすじ＞
【Disc-1】ゴッドファーザー PART I
1947年。
マフィアのドン、ビト・コルレオーネ（マーロン・ブランド）の屋敷内で末娘コニー（タリア・シャイア）の結婚式が行われた。コルレオーネ家の一族、「ファミリー」と呼ばれるマフィア組織の面々ら総勢数百人が会す壮大な挙式だった。邸内の、ブラインドが下された書斎で、タキシード姿の右胸に血のような真っ赤な薔薇をさしたビトが、訪ねてきた友人の嘆願に耳を傾けていた。自分をすがってくる者には愛と権力、知力で十分に報いた。それがドン、〈ゴッドファーザー（名付親）〉としての義務、尊厳であった。
対立するブルーノ・タッタリア（トニー・ジョルジオ）の息のかかった麻薬の売人ソロッツォ（アル・レッティエーリ）が取引の話を持ちかけてきた。ビトは丁重に断ったが、長男ソニー（ジェームズ・カーン）が興味を示した。ソロッツォは、ビトが必ず邪魔してくると考え、彼の暗殺を企てる。
ある日、二男フレド（ジョン・カザーレ）を伴ってオリーブオイル会社から出てきたビトが襲撃された。全身に何発も銃弾を浴びた。崩れ落ちるようにして倒れた。ソロッツォ一味の仕業だった。病院に担ぎ込まれ、幸い一命は取りとめた。ビトへの襲撃はコルレオーネ・ファミリーに対する宣戦布告を意味をしていた。ソロッツォの背後に控えるタッタリア・ファミリーと、ニューヨークを縄張りとするマフィア組織が不気味な動きを見せ始める。
第2次大戦から復員した三男マイケル（アル・パチーノ）は、父親の暗殺未遂に強い憤りと怒りを憶え、すぐに病院へ駆けつけた。そこで偶然にも、ソロッツォ一味による二度目の襲撃に遭遇。間一髪、父親を救うのだった。やがて、マイケルは恋人ケイ（ダイアン・キートン）の願いを振り切り、マフィア社会に身を投じていくのだった……。

【Disc-2】ゴッドファーザー PART II
コルレオーネ・ファミリーは本拠地をニューヨークからラスベガスに近いタホー湖畔へ移っていた。縄張りを狙っていたハイマン・ロスの手下ロサト兄弟から襲撃され難を逃れたマイケルは、偉大な時代を生きた父ビトーを想う。父ビトーは母を殺され、難民としてアメリカに来た後ファミリーを築いていく……。
マイアミでファミリーのボスたちの会合を持った後、マイケルはキューバへ赴き利権獲得のため工作を図るが、兄フレドーの裏切りに気づく。やがて犯罪調査委員会の公聴会に呼ばれたマイケルは裏切り者のペンタンジェリに証言を覆させて追求をかわすが、妻のケイはマイケルから離れていく……。

【Disc-3】ゴッドファーザー PART III
1979年。ファミリーを守ってきたマイケルは老境にさしかかり、自分の犯した罪に苦悩していた。彼は資産を合法化すべくバチカン銀行と大司教に接近する。寄付の見返りに叙勲を受けたマイケルは家族と再会する。マイケルはソニーの息子で従弟のビンセントをジョーイ・ザザから呼び戻し、合法的なビジネスをさせようとする一方、かつてのボスたちにビジネス合法化を宣言する。しかし短気なビンセントはザザと争いマイケルの娘メアリーと恋におち、病に倒れたマイケルを再び血なまぐさい戦いに巻き込んでいく……。