＜あらすじ＞
幻影に隠された未来が動き出す。

水と緑、古い街並みと近代的な建物が美しく調和するクラウンシティ。
この地で開催される「ポケモンバッカー・ワールドカップ」を観戦するため、サトシとピカチュウ一行はクラウンシティに向かっていた。旅の途中、サトシたちは、他のポケモンや人間にも化けることができる不思議なポケモン、ゾロアに出会う。
しかもこのゾロアはテレパシーで人間としゃべることができるとわかってビックリ！サトシたちは、仲間を探しているというゾロアを助けることにして、いっしょにクラウンシティに向かう。
サトシたちがめざすクラウンシティでは、セレビィが目撃されていた。セレビィがやってくる街として知られるクラウンシティ。
セレビィがやってくるのは、20年前の事件以降、はじめてのことだった。一方、クラウンシティでは、奇妙な事件が起こっていた。
クラウンシティの守り神とされている伝説のポケモンが、街中で暴れ、人々をパニックにおとしいれていた。ライコウの雷雲で、エンテイの炎で、スイクンの大水で街が破壊されていく！
その様子をモニターで眺めている男がいた。彼こそがこの事件を起こしている人物、巨大企業コーダイネットワークの社長、グリングス・コーダイであった。クラウンシティを襲っているライコウ・エンテイ・スイクンこそ、コーダイが操る、幻影を見せる能力を持つポケモン、ゾロアークの化けた姿だったのだ！そして、ゾロアが探しているという仲間とは、このゾロアーク
のことだった。未来を知る男と言われるコーダイが邪悪な野望のため、セレビィを襲う！
セレビィが持つ秘密の力とは一体何か？クラウンシティの運命は？ゾロアとゾロアークは出会うことができるのか！
そして、ゾロアークは、敵なのか、味方なのか！？ポケモン映画史上、最大の化かしあいが今、始まる。