＜あらすじ＞
主人公・沢木忽右衛門直保は、肉眼で空気中の菌が見えるという特殊な体質の持ち主。もやし（種麹：たねこうじ。蒸米にこうじかびを生やしたもの。日本酒の原料のひとつ）屋の息子である彼は、幼馴染で造り酒屋の息子・結城蛍とともに農業大学に進学した。入学当日、祖父と古くからの知り合いだという樹という人物に会いに行く沢木。樹は菌について語りだすと止まらない、ちょっと奇異な老教授だった。その後、樹研究室に出入りするようになった沢木は、新たな「菌」と「発酵」の世界に触れながらも、彼を取り巻く少し変わった人たちとの出会いによって、様々な騒動に振り回されていくことに…。