＜あらすじ＞
強靭な意志と剣の腕前を持つ忍者カムイは、真の自由を求め、掟に縛られた忍（しのび）の世界を抜け出した“抜け忍”。裏切り者として追っ手の“追忍”と闘い続けていたカムイは、ある日時の藩主・水谷軍兵衛の愛馬をある理由から殺した半兵衛という漁師を助け、それを機に半兵衛の家族に迎え入れられる。しかし、半兵衛の妻はカムイと同じく抜け忍の“くの一”スガルであった。
カムイを追忍だと疑うスガルとの闘い、密告により捕縛された半兵衛の救出、頭の不動率いる謎の鮫退治集団“渡り衆”の出現、サヤカとの淡い恋。さまざまな闘いと出来事の中で、次第に人と触れ合う温かさを知り、穏やかな日々に幸せを感じるカムイ。しかし、追っ手の忍群はすぐそこに迫ってきていた…。