＜あらすじ＞
西暦２０３４年。公安９課から草薙素子が去り、２年の歳月が経過していた。トグサが新しく組織を率いる立場となり、メンバーも大幅に増員されて拡大を果たした新生公安９課に、次々と難事件が襲いかかる。捜査の結果、一連の事件を背後で操っている存在が「傀儡廻（くぐつまわし）」と呼ばれる超ウィザード級ハッカーであることが判明する。　次から次へと立ちはだかる難事件の前に、新生９課のメンバー達はどう挑むのか！？事件の陰に付き纏う「傀儡廻」の正体は？そして“Ｓｏｌｉｄ　Ｓｔａｔｅ　Ｓｏｃｉｅｔｙ”が意味するものとは！？