＜あらすじ＞
トランスフォーマーの生命の根源である「キューブ」を巡り、オートボットとの壮絶な死闘の末に敗北した邪悪なディセプティコン。しかし、戦いは終わっていなかった…。あれから2年、ガールフレンドのミカエラから遠く離れて大学生活を送るサム。ある日、当時身につけていた服に残っていたキューブの破片に触れたことから、奇妙な“サイン”が見えるようになる。それは、古代ピラミッドに秘められた、ある恐るべき暗号を示していた。一方その頃、絶滅したはずのディセプティコンの生き残りが、無数の仲間を率いて世界各地に侵入を始めるのだった…。