＜あらすじ＞
「武装錬金」それは、操るものの力に作用する究極の武器（ちから）。　錬金の戦士として戦い続ける、カズキと斗貴子。ホムンクルスの集団、「Ｌ．Ｘ．Ｅ．」手先であった早坂姉弟との戦いを経て、戦士長・キャプテン・ブラボー共に、いよいよその本部へと乗り込んだが、そこにいたのは、ホムンクルス・ムーンフェイスのみだった。彼は、「Ｌ．Ｘ．Ｅ．」のリーダー、ドクトルバタフライが生徒達を生贄にし、裏切りの戦士を復活させるため、銀成学園に向かったことを告げる。急ぎ学園に向かうカズキと斗貴子だったが…