＜あらすじ＞
意地と執念で地獄のような"SONA"からの生還を果たしたマイケルは、サラの命を奪った謎の集団「組織」の正体をつかみ、復讐を果たすためアメリカへと舞い戻ってきた。「組織」につながるウィスラーとグレッチェンの2人を探す途中、マイケルは捕まり連行される。そこには、かつてマイケルの父親と組んで「組織」を追っていたという特別捜査官セルフが待っていた。セルフは、今でも「組織」壊滅に執念を燃やしており、そのカギとなる"スキュラ"を入手しようと計画、マイケルに手伝うよう迫る。成功すればすべての罪を免除してやるという彼の言葉にマイケルとリンカーン兄弟に加え、スクレ、マホーン、ベリックが集まる。さらに実は密かに生きのびていたサラとコンピュータに強いローランドも加わり、一行はロサンゼルスへと移動。セルフの用意したアジトで早速スキュラの情報集めを開始する。