＜あらすじ＞
西暦2131年、非核大戦が終結。兵士デュナン・ナッツはサイボーグと化した元恋人ブリアレオスとバイオロイドのヒトミによって、平和都市・オリュンポスに連行される。オリュンポスは、立法院の七賢老（ヒト）とガイア（巨大コンピューター）の対話により管理されているが、実際に政治を司るのは、バイオロイドであり、人類の種の存在を揺るがす計画が静かに進行していた。そのカギは“アップルシード”。“アップルシード”を巡り、人類の未来をかけた壮大な戦いが始まる！