＜あらすじ＞
世界一深いと言われているマリアナ海溝で探索をおこなっていた原子力潜水艦が、160名もの乗組員を乗せたまま突然行方不明になった。仲間たちを助けるため、アロナックス大尉達は海底深くまで探索に出発するのだが、またしても船に異常が起こり、振動と酸素不足のため全員気を失ってしまう。
目覚めると見た事もない船内に横たわっていた。そこに現れたネモ船長と名乗る怪しげな老人が言うには、この船はノーチラス号という近未来型潜水艦。そして窓の外にはアトランティスと呼ばれる海底都市…。これは夢か幻か、あるいは現実なのか…。
そしてネモ船長が明かした深海に潜む巨大生物の正体とは一体！？今、史上空前の海底探索が、始まろうとしている！！