＜あらすじ＞
政府の秘密機関が関わるプロジェクトにより、遺伝子操作を受けた患者たち。その実験によって1000人以上の特殊能力を持つミュータントが生まれた。実験に関わった"ジェノマックス"社は、極秘裏にミュータントを回収していた。当時ジェノマックス社で遺伝子操作に関わり、その罪を背負う天才科学者アダムは、ジェノマックス社の回収を阻止しミュータントたちを救うため、4人のミュータントたちと【ミュータントX】を結成しジェノマックス社と戦っていた。しかしジェノマックス社がひた隠しにしてきた史上最強最悪のミュータント、アシュロックが目覚め、ジェノマックス社の首領であるメイソンを倒してしまう。アシュロックはミュータント中心の世界にし君臨しようとする。新たなる強敵を前に、ミュータントXはさらに戦いつづける･･･。