＜あらすじ＞
ジェノマックス社で遺伝子操作により、先天的に優秀な子供を作り出すという政府の情報機関が関わる極秘プロジェクトが行われていた。このプロジェクトにより、超人的パワーを持ったミュータントの子供たちが誕生。政府は彼らの特殊能力を利用しようと企むのだった。事の重大さに気づいた天才科学者アダムは遺伝子操作を受けた子供たちの情報を含んだデータベースを持ってジェノマックスから逃亡し身を隠す。それから数十年、アダムはジェシーとシャリマーの2人のミュータントと共に『ミュータントX』を結成。その使命は新たなミュータントの仲間を探し、彼らの特殊能力を維持しながら、敵であるジェノマックスと政府の手から守ること。ミュータントVSジェノマックスの終わりなき戦いが今、始まる…。