＜あらすじ＞
ポケモンマスターを目指して修行の旅を続けるサトシのもとに、"最強のポケモントレーナー"を名乗る者から一通の手紙が届いた。それは、ニューアイランドにある「ポケモン城」への謎めいた招待状であった。サトシはカスミ、タケシとともに島へ行くため港に向かうと、そこには同じように招待された腕自慢のポケモントレーナーたちが集まっていた。しかし、折からの嵐のため、波が高く船は出せないという。それでも最強のトレーナーとのバトルをあきらめきれない者は、次々と嵐の海を渡ってニューアイランドへ向かおうとする。しかしそれは、自らを生み出した人間への逆主を計画するポケモン『ミュウツー』の仕掛けた巧みなワナだった。サトシたちも、そうとは知らず荒れ狂う海へと漕ぎ出すが、果たしてそこで待ち受けていたものは…!?