＜あらすじ＞
■【DISC-1】ストーリー：西暦2199年。地球は謎の星間国家ガミラスの攻撃を受け滅亡の危機に瀕していた。遊星爆弾による放射能汚染は地表全土に広がり、地下都市に逃れた人類を刻々と蝕みつつあった。地球防衛軍も敗退し希望の全てを失った時、14万8千光年の彼方、惑星イスカンダルからのメッセージが届く。そこには地球の滅亡を救う放射能除去装置コスモクリーナーDがあるというのだ…。

■【DISC-2】ストーリー：西暦2201年。地球はガミラスとの戦いの傷も癒え、かつて無い繁栄の道を進んでいた。かつてのヤマト戦士古代、島、真田らは惑星間資源輸送船団の護衛任務にあたっていた。そんな折り、古代は地球への輸送航海の途中、未知の星から地球に救いを求めるな発信をキャッチした。危機を感じたヤマト戦士たちは、海底ドックに眠るヤマトに乗り込み、新たなる旅へと発進する！

■【DISC-3】ストーリー：白色彗星との激闘を終えたヤマト。古代たちは沖田艦長の記念像が立つ英雄の丘で、宇宙平和を永遠に守り続けていくことを誓う。そして新乗組員を乗せてヤマトは久々のテスト航海へと旅立っつのだった。その頃、ガミラス帝国の再建を目指すデスラーは、母なる星ガミラスへと向かっていた。しかしガミラス星は謎の大爆発を起こし、消滅してしまった！

■【DISC-4】ストーリー：西暦2202年。地球の平和を打ち破るミサイル状の物体が、突如宇宙から太陽系へと迫ってきた。火星基地を壊滅させ、やがて謎の物体により地球の首都はあえなく占領されてしまう。英雄の丘に集まったヤマト戦士は、小惑星イカルスにあるヤマトに乗り込むべく、地球脱出を図る。しかし、その渦中で森雪が敵の銃弾に倒れ…。

■【DISC-5】ストーリー：時に西暦2203年、我々の銀河系に大いなる異変が起っていた。異次元空間より突如として未知なる銀河星雲が出現、我々の銀河星雲と激突したのである。銀河系中心部では次々と恒星同士が衝突し崩壊していく。地球防衛軍本部はこの異変を察知、調査のためヤマトを銀河中心部に向け派遣するのであった…。