＜あらすじ＞
人間界は廃墟と化していた。人間たちは、突然生えた不気味なイバラによって謎の眠りについてしまい、アグモンたちもまた、パートナーの力を借りることができずにいた。動いている人間のいない街の中、デジモンたちに追われる一人の少女がいた。アグモン、ガオモン、ララモンによって助けられたその少女の名はリズム。リズムは人間たちを眠らせているのが完全体デジモンのアルゴモンであり、人間への憎しみから世界を滅ぼそうとしていることを話す。アグモンたちは、大たちパートナーを、眠らされている人間たちを、そして人間界そのものを救うためアルゴモンとの戦いを決意する。強大な力を持つアルゴモンを前に、進化することすらできないアグモンたちはどう立ち向かうのか!?そして、大たちはふたたび目を覚ますことができるのだろうか……!?