＜あらすじ＞
日本の商社マン岡島緑郎は、東南アジアへ出張中に、海賊まがいの運び屋「ブラック・ラグーン」のメンバーに誘拐される。商社は機密保持の為、傭兵を使って人質の岡島ごと全てを殲滅する行動をとるが、岡島の機転で絶対絶命の危機を脱した。あっさりと会社に見捨てられた岡島は、名も立場も捨て、"ロック"としてブラック・ラグーンの一員となる。ボスで元軍人のダッチ、メカニックのベニー、"2挺拳銃(トゥーハンド)"の異名をもつガンマン・レヴィ、そしてロックと共に、改造魚雷艇「ブラック・ラグーン号」は南海の海(lagoon)を駆ける。