＜あらすじ＞
宇宙世紀0087年。地球に住む特権階級の権益を代表する地球連邦軍のエリート部隊「ティターンズ」と、スペースコロニーに住む人々のそばに立つ反連邦軍組織「エゥーゴ」の対立は深刻化していた。宇宙は再び戦乱の時を迎えようとしていた―。スペースコロニー“グリーン・ノア”に住む高校生カミーユ・ビダンは、権力を振りかざす連邦軍への反発から、訓練中に落下事故を起こした新型MS“ガンダムMK-II”を奪取。おりしも偵察中だったエゥーゴのMSと出会い、そのままエゥーゴへと身を投じることになる。面目を潰されたﾃｨﾀｰﾝｽﾞは追撃し、カミーユの母親を人質にする卑劣な作戦を強行した。その結果、カミーユの目前で両親が立て続けに死に至るという惨劇が発生し、激しい衝撃を与えた。だが、カミーユには悲しむ時間も与えられなかった。エゥーゴは連邦軍本部のある南米ジャブローへと降下作戦を計画し、カミーユもまたエゥーゴ側のパイロットとして本格的な作戦参加を要請されたのだ。カミーユは大気圏突入という生死の狭間を目撃し、戦いを生き抜く中でパイロットとして天性の力量を発揮するようになっていく。その果てに地上へ降りたカミーユは、先の一年戦争後に英雄とされたアムロ・レイと出会うことになる。そのアムロの存在を、誰よりも敏感に察知する男がいた。彼の名は、シャア・アズナブル。アムロと幾度となく死闘を繰り広げたライバルのシャアは、クワトロ・バジーナと名を変え、エゥーゴに参加していたのだった。この“再会”の運命が、やがて人々の未来を大きく揺るがし始める…。