＜あらすじ＞
日米共同で極秘裏に開発された最新鋭原子力潜水艦「シーバット」が、処女航海中に突如離反。追撃する米艦隊を打ち破った「シーバット」は、海江田艦長により独立国家「やまと」であることを宣言した。^.^ 核兵器搭載の疑惑を背負った「やまと」は全世界が注目する中、日本との軍事同盟を求めて東京湾へと向かっていた。日本国首相の竹上は閣僚の反対を押し退け、全世界同時中継の中、海江田との会見に臨む。そこで海江田は世界規模の超国家軍の創設を宣言。これに対し竹上は「やまと」との軍事同盟を承認するも、「やまと」を含む自衛隊の全戦力の指揮権を国連に委ねることを宣誓した。 しかしこれを容認しない米大統領ベネットは攻撃を指示。東京湾で浮きドッグ「サザンクロス」から補給を受ける「やまと」に、米潜水艦の容赦無い攻撃が始まった!