＜あらすじ＞
いつも同じ夢だった―空港を駆け抜ける男。膝から崩れ落ちる男。とり乱す女。それを見つめる少年･･･。21世紀初頭、全世界に蔓延したウイルスによって、人類は絶滅の危機に瀕していた。生き残った人々は地上を追われ、地下での生活を余儀なくされた。2035年、科学者グループは原因を探るために調査を重ね、その謎に"12モンキーズ"が関わっていることをつきとめる。囚人ジェームズ･コール(ブルース･ウィリス)は、特赦を条件に"12モンキーズ"の調査を命じられ、ウイルスが蔓延しはじめた1996年に送りこまれるのだが･･。ウイルス発生の鍵を握る"12モンキーズ"とは一体何か?知られざる化学兵器か?秘密の軍隊か?それとも･･･?そして、人類の行く末は･･･。