＜あらすじ＞
連合とザフトの総力戦が準備される中、Ｌ４宙域に集結したアークエンジェル、クサナギ、そしてエターナルの３艦は、アズラエル率いるドミニオンとラウ率いるクルーゼ隊の攻撃を受ける。三つ巴の激しい戦闘の最中、ラウによってメンデルの遺伝子研究所に誘い込まれたキラとムウ。キラ出生の秘密とは何か？ そこで明かされるムウとラウの関係とは？ そして、ついにラウの野望は最終局面をむかえる。再び核攻撃の準備を始めた連合軍と、それを迎え撃つザフト軍の、最終兵器ジェネシス。二つの殺戮兵器を前に、キラとアスランに、この戦いを止めることができるのか？