＜あらすじ＞
補給も兼ねて廃棄コロニー・メンデルに身を潜めるアークエンジェルとクサナギ。先の戦いからキラ達に同行していたアスランは、プラントの最高議長を務める父・パトリックの元へ向かう。しかし、戦争の真意を確かめようとしたアスランは反逆者として拘束されてしまった。一方プラント内で抵抗活動を続け、その事を知ったラクスは、アスラン救出を計画。さらに新造戦艦エターナルを奪取し、バルトフェルドらと共にアークエンジェルと合流する。遂に戦争終結のために集結した戦士たち。しかし再会も束の間、ナタルの率いる地球連合のドミニオンが迫っているのだった！